安装软件

软件列表

软件 安装方式 功能
seqtk conda fasta 格式文件处理
seqkit conda fasta 格式文件处理
gffread conda gff 转 gtf, gtf 转 fasta
gtftk conda gtf 格式文件处理
samtools conda sam 格式处理
bamtools conda bam 格式处理
ccs conda subreads 转 ccs reads
lima conda 去除接头等序列
isoseq3 conda Iso-Seq 官方软件
cd-hit conda 序列聚类
assembly-stats conda fasta N50 统计
RNAsamba conda、sigularity 编码能力预测
emcp 手动安装 根据 eggnog-mapper 注释结果构建 OrgDb
BUSCO conda、sigularity 拼接完整性评价
Trinity conda、sigularity 转录组组装软件，包含定量和差异表达分析的好用脚本
SSRMMD 手动安装 SSR 及多态性SSR 开发
TAMA conda、py27 IsoSeq collapse
SQANTI3 conda 子环境安装 与已知GTF比较、分类、过滤等
SUPPA2 conda 可变剪接分析

软件部署

  1. 用于参考基因组处理的软件
mamba install seqtk seqkit gffread pygtftk
  1. Iso-Seq 常用分析软件
mamba install pbbam pbccs lima pbmm2 isoseq3 rMATS
  1. RNAsama

https://github.com/apcamargo/RNAsamba

# 使用 conda 安装
conda install -c conda-forge -c bioconda rnasamba
# 下载官方容器
singularity pull docker:antoniopcamargo/rnasamba
# 下载数据
curl -O https://raw.githubusercontent.com/apcamargo\
  /RNAsamba/master/data/full_length_weights.hdf5
curl -O https://raw.githubusercontent.com/apcamargo\
  /RNAsamba/master/data/partial_length_weights.hdf5
  1. eggnog-mapper

eggnog-mapper 在线版：http://eggnog-mapper.embl.de/

# 使用 pip 安装
pip install eggnog-mapper
# 使用 conda 安装
conda install -c bioconda -c conda-forge eggnog-mapper
# 使用基因课构建好的容器
emapper-2.1.11.sif
  1. emcp

http://git.genek.cn:3333/zhxd2/emcp

安装R包：argparser, tidyverse, formattable, AnnotationForge, seqinr, clusterProfiler

git clone http://git.genek.cn:3333/zhxd2/emcp.git
  1. trinity 安装

https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki

# conda 
mamba install trinity
# 官方容器
wget https://data.broadinstitute.org/Trinity/\
  TRINITY_SINGULARITY/trinityrnaseq.v2.15.1.simg
  1. SSRMMD

https://github.com/GouXiangJian/SSRMMD

下载即可直接使用

git clone https://github.com/GouXiangJian/SSRMMD.git
  1. TAMA

https://github.com/GenomeRIK/tama

# 创建一个py27 环境，并安装依赖
mamba create -n py27 python=2.7 biopython pysam
# 切换到环境中即可直接使用
source activate py27
# 下载软件
git clone https://github.com/GenomeRIK/tama
  1. SQANTI3

https://github.com/ConesaLab/SQANTI3

# 安装 SQANTI3.git
git clone https://github.com/ConesaLab/SQANTI3.git
cd SQANTI3
conda env create -f SQANTI3.conda_env.yml
source activate SQANTI3.env
# cDNA_Cupcake
(SQANTI3.env)$ git clone https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake.git
(SQANTI3.env)$ cd cDNA_Cupcake
(SQANTI3.env)$ python setup.py build
(SQANTI3.env)$ python setup.py install
  1. BUSCO

https://busco.ezlab.org/

# conda
conda install busco
# sigularity
singularity pull docker://ezlabgva/busco:v5.4.7_cv1